種子檢驗是伴隨著種子交易的出現而出現，隨著種子科技的發展而發展的。18世紀60年代的歐洲，隨著種子交易的出現，不法商販惟利是圖，販賣偽劣種子的事件時有發生，給農業生產造成了嚴重損失。為了維護種子貿易的正常開展，種子檢驗應運而生。
1869年，德國諾培博士（Dr. Friedrich Nobbe）率先在薩克森州建立了世界上第一個種子檢驗實驗室，開展種子真實性、凈度和發芽率等種子質量特性檢驗工作，在總結前人工作經驗和自己的研究成果的基礎上，于1876年編寫出版了《種子學手冊》，標志著種子檢驗科學的誕生。諾倍博士就成為國際公認的種子檢驗和種子科學的創始人。
1871年穆勒霍斯特（E.Moller-Holst）在丹麥哥本哈根建立了種子檢驗室。此后的一段時間里歐洲種子檢驗發展迅速，奧地利、荷蘭、比利時和意大利等國先后建立了類似的檢驗室。截止1893年歐洲的檢驗室達到130余個。
1876年美國成立了第一個種子檢驗站；
1894年美國農業部種子檢驗室建成；
1897年頒布了標準種子檢驗規程；
1900年開始在高等農業院校培訓種子檢驗人員。隨著國際種子貿易的發展，國際間種子檢驗技術的交流、溝通與合作也日益廣泛。
1906年在德國召開了第一次國際種子檢驗大會。
1908年在美國和加拿大兩國成立了“ (北美)官方種子分析家協會”(Association of Official SeedAnalysts，縮寫為AOSA)。
1921年在哥本哈根舉行的第三次國際檢驗大會上成立了“歐洲種子檢驗協會”(European Seed TestingAssociation，縮寫為ESTA)。
1924年在英國劍橋召開了第四次國際種子檢驗大會，大會決定把種子檢驗活動延伸至全世界，將歐洲種子檢驗協會改為現在的國際種子檢驗協會（International Seed TestingAssociation，縮寫為ISTA）。
ISTA是唯一一個專業從事種子檢測的國際組織，現在已在世界上70多個國家擁有會員。成立ISTA的主要目的是制定、修訂、出版、推行種子扦樣和檢測標準程序，并促進在國際種子貿易中統一使用這些程序。
1931年制定了第一個國際種子檢驗規程。
我國的種子檢驗工作開始較晚。新中國成立之初沒有專門的種子檢驗機構，檢驗工作由糧食部門或商檢部門代行。
1956年在農業部設立種子管理局和種子檢驗室。
1957年農業部種子管理局組織浙江農學院等單位的專家在北京舉辦了種子檢驗培訓班，開始了我國的種子檢驗工作。
1983年和1984年分別頒布和實施了《農作物種子檢驗規程》。
1985年和1996年分別頒布了《農作物種子檢驗規程》和《農作物種子質量標準》。
1996年“種子工程”的實施，伴隨《種子法》的頒布實施，也為我國種子檢驗整體水平的穩步提高提供了保證。
